Как и все халцедоны, агаты прокрашивают во все цвета радуги. Получаемая окраска устойчива к внешним воздействиям.
Наиболее часто окраску агата производят хромовым ангидритом. Процесс осуществляют в резиновых бочках, от нескольких дней до нескольких месяцев (при окраске железом).
Для повышения устойчивости окраски, агаты затем отжигают при температуре 250…2700 С.
Обычно зеленая окраска получается при использовании в качестве красителя соединений хрома, а голубая — кобальта.
Скрытокристаллический кварц (агат, халцедон) часто содержит в порах железо, которое может быть перераспределено в результате обработки кислотой. При этом при последующем нагревании окрашенных образцов они приобретают красно-коричневый цвет.
Черный цвет у агата получают путем вымачивания или кипячения агата в растворе сахара или меда в течение 3 недель с последующей обработкой концентрированной серной кислотой. Кислота вытягивает из из сахара (С6Н12О6) воду, и остается один черный углерод.